832, året efter att Ansgar hade lämnat Birka sändes prästen Gautbert till Birka av det påvliga sändebudet för Norden, ärkebiskop Ebo av Reims, som han möjligen var brorson till. Gautbert färdades till Birka med sin brorson, prästen Nithard. Enligt Rimbert var Nithard munk från Corbie och hade följt med S:t Ansgar på dennes mission i Sverige. De blev välvilligt mottagna, antagligen av kung Björn, vidareutvecklade den kristna församlingen i Birka, anlade en kyrka och undervisade.
Från ärkestiftet Hamburg kom beslutet att göra Birka till ett missionsstift och ordinera Gautbert som den förste biskopen. Han tog det kristna namnet Simon vid sin vigning. Detta skedde år 845, och ungefär samtidigt ska en våldsam hednisk reaktion mot den kristna missionen ha brutit ut. Anledningen är oklar, men biskop Simon och hans medhjälpare utsattes för förföljelser av de hedniska invånarna. Den kyrka som hövitsmannen Hergeir låtit uppföra på sin mark blev nedriven. Gautbert och andra kristna fängslades, bestals och fördrevs ut ur landet. Detta skedde dock inte på kungens befallning utan genom ”en sammansvärjning bland folket”, enligt Rimbert.
Under dessa oroligheter mördades prästen Nithard. Han blev därmed den första till namnet kända martyren på svensk mark – alltså en protomartyr. Trots att S:t Ansgars mission i Birka aldrig slog rot ordentligt levde ett fåtal kristna kvar i staden i flera år.
Enligt Rimbert var det på fogden Hergeirs gård som kyrkan hade byggts. Det är oklart var gården och kyrkan låg, men en teori är i Korshamn på norra Björkö. Där har arkeologer funnit spår av en 40 meter lång hallbyggnad av vikingatida typ och två äldre byggnader. I anslutning till det vikingatida huset gick två stenrader ned mot vattnet.
Arkeologernas teori är att de hittat fogdens gård, som byggdes så nära kungens gård på Adelsö – på andra sidan vattnet – som möjligt. Stämmer det så är det platsen där Hergeir byggde sin kyrka. Den kan då ha ersatt ett äldre kulthus som funnits vid gården. Björköborna har också kallat platsen Kyrkan och Templet. Om det stämmer innebär det att Sveriges kanske äldsta kyrka påträffats.
Gautbert behöll sina kyrkliga anspråk på Sverige, men återvände aldrig dit. Han var senare biskop av Osnabrücks stift, i Östfrankiska riket och dog någon gång under 860-talet.
Ingenting är känt om Ardgars liv efter att han lämnade Sverige, men troligtvis återupptog Ardgar sitt tidigare liv som eremit.
Birka under angrepp
Under tiden den kristna församlingen existerade i Birka utsattes staden för ett angrepp av en svensk kung i landsflykt, som lyckats samla danskarna till ett angrepp på staden. Kungen hette Anund och med 32 krigsskepp seglade han in i Mälaren. Överfallet på handelsstaden kom plötsligt och hövitsmannen Hergeir med alla köpmän tog sin tillflykt till borgen invid staden. Genom förhandlingar köpte man sig fria för hundra pund silver, vilket kung Anund girigt tog emot.
Danskarna var emellertid inte alls nöjda med denna lilla förtjänst, för som de sa: ”varenda köpman där ägde mer än vad man hade erbjudit dem och att de ingalunda kunde finna sig i en sådan oförskämdhet.” De beslöt därför att storma och skövla borgen. Försvararna blev då missmodiga och började offra till sina avgudar. Hergeir, som låtit döpa sig, blev ursinnig. Hans mäktiga röst förbannade försvararnas tro:
”Hur länge tänker ni fortsätta med att tjäna djävlarna och göra er själva utfattiga till ert eget fördärv med dessa meningslösa löften? Nu har ni ju redan offrat mycket och lovat ännu mer. Dessutom har ni gett bort hundra pund silver. Vad har ni haft för nytta av det? Nu kommer de och skövlar allt vad ni äger. Era hustrur och barn kommer de att släpa bort i fångenskap, borgen och staden kommer de att sätta eld på och ni kommer att dö för svärdet. Vad har ni alltså för nytta av dessa gudabilder?”
Hergeirs tal väckte förskräckelse och merparten av de innestängda lovade att tjäna Kristus. Undret lät inte vänta på sig. Kung Anund hade börjat förhandla med danskarna och det bestämdes att lottkastning skulle avgöra Birkas öde. Och se, genom Guds inverkan gick ödet Birkabornas väg. Danskarna avseglade och kung Anund förlikade sig med sina landsmän.